搜索引擎通常会把子域名（或称为二级域名）当做一个基本独立的网站看待，就是说
 http://www.dnso123.com
和
 http://blog.dnso123.com
是两个互相独立的网站。
 而目录
 http://www.dnso123.com/blog
就是纯粹是 http://www.dnso123.com的一部分.
顺便说一句，www.dnso123.com其实是dnso123.com 的一个子域名，只是约定俗成，网站一般以www.dnso123.com 为主URL。
如果抛开其他因素，只看着两个URL：
  （1）http://blog.dnso123.com
   (2) http://www.dnso123.com/blog
   子域名http://blog.dnso123.com的权重稍微高一点，因为搜索引起会把这个URL当做网站的首页。另外很多人观察到，主域名很多时候回传递一小部分的信任度（是信任度，不是PR）给子域名。
所以单就URL来看，子域名比目录天生的权重和排名能力稍微高一点，但从SEO角度看，我建议尽可能使用目录，而不是子域名。
子域名和主域名是两个完全不相同的网站，要推广的也是两个网站，所有的优化工作都要多做一遍，尤其是外部链接建设，网站PR值、权重都会被这两个独立的网站分散，主域名经过外部链接建设获得高权重，不以为着子域名就获得了高权重。
子域名的使用会使网站变多，同时每个子域名网站变小。目录会使一个网站越做越大。网站越大，包含的内容自然就越多，对用户的帮助就越大，他所积累的信任度就越高。
当然，这只是对一般网站而言。在某些情况下，子域名是更适当的。比如：
（1）网站内容足够多，每一个子域名下涵盖的内容都足以成为一个独立的网站而且毫不逊色。有很多这样的网站，诸如各类门户。想新浪、搜狐这种级别的网站，任何一个频道的内容都比绝大多数网站多得多。
 （2）跨国公司不同国家的分部或分公司，采取子域名有利于建立自己的品牌。而且各个分公司的内容很可能是由不同国家的团队自行维护，与独立网站没有什么区别。
 （3）公司有不同的产品线，而且相互之间联系不大，或者完全是以不同的品牌出现的，这时每一个产品线或品牌可以用子域名或者独立域名。如几乎所有的汽车公司每一个品牌甚至每一个车型都有自己独立的品牌或网站。手机公司也是如此，门户类网站推出不同服务时，如博客、微博、论坛、邮件，也以子域名为宜。
  （4）分类信息网站，不同城市使用不同的子域名。这类分类信息网站通常都有海量数据，某一个省份或者城市的内容都能独立成站，而且不同城市、省分很可能有不同的发展目标和安排，管理也是由不同的团队操作的。
  （5）平台类网站，如B2B和淘宝类商城。每个用户都有自己相对独立的展示平台，使自己的子域名对品牌建设、推广有好处。
 除了网站规模和类型，子域名和目录的选择有时还得看其他情况。比如，目标搜索引擎如果是百度，使用子域名或独立域名更有利，因为百度给网站首页权更高。相比之下，Google给予网站首页、目录及内页大致相同的机会，如果是做英文网站，采用目录结构，不会出现明显的不利。