网站结构有两方面的意思，一是物理结构，二是链接结构。
1.物理结构
 网站物理结构指的是网站真实的目录及文件所在的位置所决定的结构。
 一般来说比较合理的物理结构有两种。一种是扁平式的，也就是所有网页文件都存在网站根目录下。
 这样的结构比较适合小型网站。如果有太多文件放在根目录下，制作和维护起来都比较麻烦，容易搞乱。大中型网站把文件都放在根目录下基本就无法管理了。
 扁平物理结构的一个优势就是，很多人认为根目录下的文件比深层目录中的文件天生权重高一点。
  第二种是树形结构，或称为金子塔形结构。根目录之下以目录形式分成多个产品分类，（或者称为频道、类别、目录、栏目等），然后在第一个分类下再放上属于这个分类的具体产品（或称为文章、帖子等）页面。
  树形结构逻辑清晰，页面之间的隶属关系一目了然。
  需要说明的是，这里说物理结构是“真实的目录及文件所在的位置所决定的结构”，
只是为了方便说明理解。数据库驱动、程序生成的网站并不存在真实的目录和文件，URL中的目录和文件都是程序实时生成的，但就网站结构来说，与真实存在的目录和文件没有什么区别。
2.链接结构
 网站结构的第二个意义指的就是链接结构，或者称为逻辑结构，也就是网站内部链接形成的链接网络图。
  比较合理的链接结构通常是树形结构。如图：
  H为网站首页，C1和C2是分类首页，P1、P2是分类C1下的产品页面，P3、P4是分类C2下产品。其中的链接关系如下：
    （1）首页链向所有分类首页。
（2）首页一般不直接链接向产品页，除了几个需要特殊推广的产品。
（3）所有分类首页链向其他分类首页，一般以网站导航形式体现。
（4）分类首页都链回网站首页。
（5）分类首页链向本分类下的产品页。
（6）产品页都链接向网站首页，一般以网站导航形式体现。
（7）产品也链向所有分类首页，一般以网站导航形式体现。
（8）产品也可以链向同一个分类的其他产品页。
（9）产品页一般不链接向其他分类的产品页。
（10）在某些情况下，产品也可以用适当的关键词链接向其他分类的产品页面，如P2链向P3。
从图示和说明可以看到这些链接会很自然地形成一个树形的网络图，这种链接网络可以与物理结构重合，也可以不一样，比如扁平式的物理结构网站完全可以通过链接形成链接上的树形结构。
当然实际网站链接结构要复杂的多，一级分类下不可能只有两个，下面还可能有二、三级分类，末级分类可能有很多个翻页，还可能有各种排序页面等。但网络链接基本形式大体相同。
对搜索引擎来说更重要的是链接结构，而不是物理结构。不少人有误解，认为物理结构比较深的页面不容易被搜索引擎收录。比如说：
http://www.36now.com/e/news/seo/2012/04/187.html
像这样的物理目录结构比较深的URL，是不是就不容易被收录呢？那不一定。如果这个页面在网站首页上有一个链接，对搜索引擎来说他就是一个仅次于首页的链接结构意义上的二级页面，收录容易与否在于页面处于链接结构的什么位置。距离首页有几次点击的距离，而不是它的目录层次。
树形链接结构使权重在网站各页面上均匀分布，深层内页可以从首页4~5次点击达到。但当网站规模比较大时，还会出现各种问题。